1616 m. bažnyčia pastatyta Šiaulių ekonomiją laikiusio Jeronimo Valavičiaus lėšomis. 1637 m. bažnyčią konsekravo Žemaičių vyskupas Jurgis Tiškevičus Šv. Apaštalų Andriejaus, Jono, abiejų Jokūbų, Baltramiejaus ir Barnabo titulu. Bažnyčia buvo medinė, puikiai pastatyta. 1759 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia Šiaulių ekonomijos laikytojo Mykolo Kazimiero Radvilos Žuvelės lėšomis.

1896 m. liepos 21 dieną gavus caro valdžios leidimą kunigo Liongino Rekščio rūpesčiu imta statyti didžiulė mūrinė neogotikinė – šventovė. Jos pamatus šventino Žemaičių vyskupas sufraganas Antanas Baranauskas. 1901 m pradėtos laikyti mišios. 1909 m. baigta mūryti mūrinė tvora su Kryžiaus kelio koplytėlėmis, 1911 m. šventoriaus kampe pastatyta koplyčia su skardiniu stogu. Nuo XVIII amžiaus svarbiausia parapijos švente išlieka Švento Roko atlaidai.

1920 m. rugpjūčio 22 d. Žemaičių vyskupas Pranciškus Karevičius konsekravo šventovę Švč. Trejybės titulu.