Jurbarko evangelikų liuteronų parapija mieste, prie Nemuno, buvo įkurta 1851 m. Tais pačiais metais buvo pastatyti ir mediniai maldos namai su atskira varpine. Pirmoji medinė bažnyčia, kurioje vienu metu galėjo melstis 500 maldininkų, atsirado 1890 m. Praėjus dešimtmečiui, 1900 m., šalia jos buvo pastatytas ir mūrinis klebonijos pastatas.

1952 m. ji buvo uždaryta. Bažnyčios medinis pastatas iš pradžių buvo paverstas sandėliu. Po kiek laiko perstatytas į gyvenamąjį namą. Negrąžintinai buvo sunaikintas ir bažnyčiai priklausęs turtas: švediški vargonai, varpai. Netekusi dvasinio vadovo, bažnyčios ir išvengusi tremties dalis Jurbarko evangelikų liuteronų bendruomenės melstis keliaudavo į netoliese esančią Skirsnemunės parapiją (Žvyrių kaimas). Tarybiniais laikais buvusiuose Jurbarko evangelikų liuteronų parapijos namuose veikė milicijos skyrius.

1989 m. Jurbarko evangelikų liuteronų bendruomenė susibūrė iš naujo. Naujam gyvenimui prisikėlusiai parapijai po ilgų prašymų 1991 m. buvo grąžintas klebonijos pastatas. 1992 m. vasario 16 d. čia įvyko pirmosios pamaldos. Netrukus evangelikų liuteronų bendruomenei buvo atiduoti ir visi anksčiau priklausę pastatai. Negrąžinta liko tik į gyvenamąjį namą perstatyta bažnyčia. 1994 m. Jurbarko evangelikų liuteronų bendruomenės iniciatyva Jurbarke buvo pradėta statyti nauja mūrinė bažnyčia (projekto autorius architektas Kazys Kazlauskas). Per kelerius metus buvo pastatyta mūrinė jos dalis ir dalinai baigtas dengti stogas. Tačiau dėl lėšų trūkumo darbai sustojo. Iš naujo statybos darbai pradėti 2008 m. Kunigo M. Kairio iniciatyva gavus lėšų iš Vokietijoje veikiančių evangelikų labdaros organizacijų, pavienių aukotojų ir Jurbarko evangelikų liuteronų parapijos narių, buvo baigtas dengti stogas. Tų pačių metų rudenį įstatyti langai. Iki tol pamaldos vyko 1991 m. grąžintuose parapijos namuose įrengtoje salėje.