Atgavus nepriklausomybę 1918 m. ir Kauno Žaliakalnyje pagausėjus gyventojų, čia nutarta pastatyti bei įsteigti parapiją. 1922 m. iškeltas sumanymas kaip nepriklausomybės paminką Žaliakalnyje pastatyti gražią bažnyčią ir suteikti jai Viešpaties Mūsų Jėzaus Kristaus Prisikėlimo titulą. Kadangi šį tikslą greitai įgyvendinti dėl Lietuvoje vykusios finansinės krizės buvo nelengva, nutarta ant gautos žemės statyti laikiną medinę bažnyčią. Ji pradėta statyti 1923 m. pradžioje, o tų pačių metų rugsėjo 23 d. iškilmingai pašventinta. Laikinojoje bažnyčioje leista krikštyti, laidoti ir tuokti, tačiau savarankiškos parapijos steigimas laikinai atidėtas. Pasak amžininkų, į Žaliakalnio Kristaus Prisikėlimo bažnyčią sekmadieniais susirinkdavę tiek žmonių, kad nemažai kam tekdavę likti šventoriuje. Atėjus žiemai ir prasidėjus šalčiams, žmonės turėdavo stovėti ant sniego. Tada kilo mintis, jog reikėtų didesnės laikinosios bažnyčios. Naują statinį suprojektavo ir statybos darbams vadovavo inžinierius Z. Novenny. Antra laikinoji bažnyčia pašventinta 1928 m. gruodžio 23 d.

Antra laikinoji bažnyčia buvo medinio karkaso, tarpai sumūryti iš plytų. Ji buvo pailga, su iškyšuliu didžiajam altoriui, sienos iš išorės netinkuotos, o iš vidaus nutinkuotos, dažytos kalkėmis, nuo grindų iki 1,5 m aukščio – aliejiniais dažais. Lubose buvo įtaisyti elektriniai ventiliatoriai, stogas dengtas cinkuota skarda. Prie bažnyčios durų, ant stogo, buvo pastatytas gotiško stiliaus skarda dengtas bokštelis, užsibaigiantis dviejų metrų aukščio mediniu kryžiumi. Medinis kryžius taip pat buvo ir ant kito bažnyčios stogo galo. Didysis altorius buvo medinis, tabernakulis – keturkampis, iš beržinių lentų, ant durelių išdrožta taurė su Ostija. Virš tabernakulio kabojo apšviečiamas Jėzaus Kristaus Prisikėlimo paveikslas, įdėtas į didelius paauksuotus rėmus. Virš jo kabojo Dievo apvaizdos paveikslas. Didžiojo altoriaus kairėje buvo mažas altorius su keturkampiu tabernakuliu. Virš tabernakulio kabėjo Jėzaus Kristaus Švč. Širdies paveikslas paauksuotuose rėmuose. Didžiojo altoriaus dešinėje buvo altorius, šiek tiek mažesnis negu kairysis. Virš keturkampio tabernakulio kabojo Švč. Mergelės Marijos Širdies paveikslas paauksuotuose mediniuose rėmuose. Sakykla buvo kairėje bažnyčios pusėje. Klausyklų būta keturių, po dvi abiejose pusėse. Bažnyčioje stovėjo aštuoni aliejiniais dažais dažyti suolai, po keturis abiejuose šonuose. Centrinėje bažnyčios navoje – dviem eilėmis po šešis kiekvienoje pusėje triviečiai su atlošais suolai. Bažnyčią iš trijų pusių supo šventorius, apsodintas medeliais ir aptvertas medinių stulpelių tvora.

Sovietų valdžiai nusavinus statomą Paminklinę Prisikėlimo bažnyčią, laikinajai bažnyčiai teko būti Kristaus Prisikėlimo bažnyčia visą sovietinį laikotarpį ir, vėl atgavus Nepriklausomybę, iki pat 2004 m. pabaigos, kai liturginio gyvenimo centras persikėlė į pašventintą Paminklinę Prisikėlimo bažnyčią. Sovietmečiu bažnyčia neperstatyta ir esmingiau neremontuota. Reguliariai vykdyti tik einamieji atnaujinimo darbai.

2006 m. mažojoje bažnyčioje atliktas kapitalinis remontas – apšiltintos sienos ir lubos, zakristijoje sudėtos naujos grindys, atnaujintas parketas, sudėti langai, įrengta nauja elektros instaliacija bei apšvietimas, apšviestas Kryžiaus kelias, bažnyčia iš išorės atnaujinta pagal senąją architektūrą.