Ilgą laiką Šančiai priklausė Karmelitų parapijai. Prieš pat Pirmąjį pasaulinį karą kun. Teodoro Benediktavičiaus (klebonavo 1914–1924 m. laikotarpiu) iniciatyva iš fabrikanto Rakošiaus buvo gautas medinis sandėlis, vėliau pertvarkytas į bažnyčią. Joje buvo trys altoriai. Bažnyčiai suteiktas Švč. Jėzaus Širdies titulas.

1919 m. Šančių tikintieji gavo parako sandėlį (A. Juozapavičiaus pr. 64). Kun. T. Benediktavičiaus rūpesčiu parako sandėlis pertvarkytas į maldos namus. Įrengti trys altoriai, naujos klausyklos, pastatyta medinė varpinė, įsigyti du varpai.

1935 m. balandį (Didžiosios savaitės metu) buvo pradėta statyti naujoji Šančių parapijos bažnyčia. Po kelių mėnesių buvo pašventintas naujosios bažnyčios kertinis akmuo. O 1938 m. gruodžio mėn. po Bernelių šv. Mišių, atlaikytų senoje bažnyčioje, Švč. Sakramentas buvo iškilmingai atneštas į naująją (dabartinę) bažnyčią.

Šančių Švč. Jėzaus Širdies bažnyčia – charakteringas moderniosios sakralinės architektūros pavyzdys, turintis romaninės dvasios. Modernistinių formų bažnyčios nėra dažnas reiškinys Pirmosios Respublikos laikotarpiui, todėl bažnyčia Šančiuose – įdomus ir vertingas objektas Lietuvos sakralinio paveldo kontekste. Bažnyčios konstrukcijos gelžbetoninės: ramstinės arkos ir centrinę navą dengiantis kesoninis kevalas. Panašūs gelžbetoniniai tinkliniai skliautai yra Kūno kultūros rūmuose ir kino teatre "Romuva". Bažnyčia įžymi dailininko Liudo Truikio freska "Angelai", bizantine maniera ištapyta ant presbiterijos arkos (1938 m.). Architektai Algirdas Šalkauskis, Adolfas Netyksa, Pranas Markūnas.