Žemės sklypas, kur dabar stovi Švč. Sakramento (Dievo Kūno) bažnyčia, 1631 m. priklausė karališkajam sekretoriui Dominykui Narkevičiui, kuris kartu su namu jį užrašė dominikonams. 1641 m. Upytės maršalka Kristupas Bialozoras ir Jonas Varlauskis atidavė dominikonams greta stovėjusius pastatus. 1644 m. prie Vilniaus gatvės jau stovėjo nebaigta statyti vienanavė bebokštė dominikonų bažnyčia, tituluota Šv. Kazimiero vardu. 1645 m. minimas drožėjas Anusas, kūręs didįjį ir Šv. Kazimiero altorius, dailininkas Pileckis, nutapęs šv. Jacinto, šv. Vincento Ferero paveikslus, taip pat įsigyti vargonai. Vilniaus vyskupas Jurgis Tiškevičius 1653 m. liepos 14 d. jau leido bažnyčioje aukoti šv. Mišias. XIX a. vizitacijose teigiama, kad statyba baigta 1678 m. Bažnyčia turėjo du bokštus ir barokines formas, pagal kurias ją buvo galima priskirti Vilniaus baroko architektūrinei mokyklai. 1682-1690 m. bažnyčios statybos užbaigimo ir barokinio interjero įrengimo darbams vadovavo Pažaislio architektas Pietro Putini (1633-1699). Buvo sukurti septyni mūriniai marmuru puošti prabangūs altoriai. 1700 m. birželio 30 d. Vilniaus vyskupas Konstantinas Kazimieras Bžostovskis pašventino bažnyčią, suteikdamas Dievo Kūno, Šv. Kazimiero, Šv. Dominyko ir Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų titulą. Apie 1678 m. šiame sklype imtas kurti dominikonų bažnyčios ir vienuolyno ansamblis. Tai buvo pirmasis barokinis bažnyčios ir vienuolyno statinių kompleksas Kaune, labai puošnus ir tuo metu modernus, išsiskyręs iš visos, labiau gotikinės, senojo miesto architektūros.

Pirmą kartą bažnyčios pastatas smarkiai nukentėjo per 1812 m. prancūzų žygį į Maskvą. Pastate laikinai buvo dislokuota kariuomenės įgula. Tuometinę būklę nusako 1814 m. surašytas inventorius: Bažnyčios belikę tik sienos – be vargonų, be suolų… Tinkas viduj bažnyčios su karnizais daugely vietų nudaužytas… Žodžiu, kas tiktai bažnyčioj medinio, viskas sudeginta. Medinės altorių dalys sudegusios, mūrinės sugriuvusios… Vienuolyne buvo įrengta karo ligoninė, o bažnyčioje – grūdų sandėlis. 1817 m. bažnyčia buvo remontuojama, tvarkoma, perdengti bokšteliai, padarytos naujos durys, suolai, sutaisytos altorių mensos, perdengtas zakristijos stogas. 1819 m. jau įrengti nauji 16 balsų vargonai. 1820 m. bažnyčia iš išorės nutinkuota ir pabalinta, o iš vidaus tiktai pabaltinta, grindys išklotos marmuro plokštėmis, atstatyti visi septyni mūriniai altoriai. 1817 ir 1820 m. vizitacijos byloja, kad Didžiajame altoriuje kabojo senas Paskutinės Vakarienės paveikslas. Kairėje pusėje stovėjo marmuru papuoštas Švč. Jėzaus Vardo altorius, jame – Jėzaus paveikslas, kuriame jis vaizduojamas apgaubtas spindulių auros ir vilkintis sidabro ir paauksuotais drabužiais. Jėzus dešinėje rankoje laikė rutulį (pasaulio simbolį), o kairėje – kryžių (tikėjimo simbolį), padengtą sidabru. Viršutinėje altoriaus dalyje kabojo šv. Kotrynos Sienietės paveikslas. Trečiasis altorius, puoštas marmuru, buvo įrengtas kairėje bažnyčios pusėje Šv. Dominyko koplyčioje. Joje buvo reprezentacinis šv. Dominyko paveikslas, gipsinės šv. Pranciškaus Asyžiečio ir šv. Ignaco Lojolos skulptūros. Koplyčios šone buvo ketvirtasis Šv. Vincento Ferero altorius su šv. Vincento Ferero paveikslu. Dešinėje bažnyčios pusėje, įrengtame Švč. Mergelės Marijos Rožinio altoriuje, buvo tapytas ir sidabru dengtas šio siužeto paveikslas, o viršuje patalpintas šv. Rožės Limietės paveikslas. Dešiniojoje bažnyčios koplyčioje buvo du Šv. Jokūbo ir Šv. Tomo Akviniečio altoriai.

1845 m. caro įsakymu bažnyčia ir dominikonų vienuolynas uždaryti. Bažnyčia stovėjo apleista, buvo paversta amunicijos sandėliu, o vienuolyno pastatuose įsikūrė kalėjimas, vėliau gimnazija. 1865 m. buvo nuspręsta bažnyčią paversti cerkve, buvo nugriauti jos bokštai ir pastatytas svogūno formos kupolas, pertvarkymai baigti 1868 m. Vienuolyno namas 1862 m. remontuotas bei pritaikytas gimnazijos direktoriaus ir mokytojų butams. 1919 m. sausio 6 d. šventovę sugrąžinus katalikams, laikinai ji tapo Lietuvos kariuomenės garnizono bažnyčia. 1919 m. bažnyčia dalinai buvo restauruota. Buvo nugriautas stačiatikiškas medinis bokštas, interjere panaikintas ikonostasas, įrengti altoriai, tačiau barokiniai bokštai neatstatyti, fasadai liko nepakeisti. Atšventintai bažnyčiai suteiktas Švč. Sakramento titulas, naudota studentų ir dėstytojų religinėms reikmėms. 1933 m. fasade sukurta Juozo Mikėno ir Boleslovo Motūzos akmeninė Jėzaus Kristaus mozaika.

1949 m. bažnyčia uždaryta. 1963 m. paversta kino sale, įrengti laiptai, naujos perdangos, visas vidaus interjeras sunaikintas. Vienuolyno namas po Antrojo pasaulinio karo buvo Kauno arkivyskupijos kurija ir butai. Šiame pastate 1919 – 1924 m. gyveno kalbininkas Jonas Jablonskis (1860 – 1930) bei 1920 – 1922 m. gyveno rašytojas Vincas Krėvė – Mickevičius (1882-1954). Liūdniausias laikotarpis architektūros paminklui prasidėjo po Antrojo pasaulinio karo. Domininkonų bažnyčia tapo Knygų bazės sandėliu ir beveik nesirūpinta nuomojamo pastato likimu.

1990 m. kovo mėn. 6 d. Kauno miesto Liaudies deputatų taryba – Vykdomasis komitetas sprendimu Nr. 98 nusprendė perduoti Kinofikacijos skyriaus "Santakos" kino teatro pastatą, buvusią Švenčiausiojo Sakramento bažnyčią Kauno arkivyskupijos kurijai. Pastatas buvo paverstas laikinu organizacijos "Caritas" sandėliu. Čia buvo saugoma gauta labdara. 2004 m. šioje bažnyčioje pradėjo šeimininkauti jėzuitai. 2004 m. rugsėjo 29 dieną Švč. Sakramento bažnyčioje, buvusio kino teatro kavinėje, buvo atidaryta akademinio jaunimo koplyčia. Nuo 2005 m. lapkričio 3 d. Kauno arkivyskupo Sigito Tamkevičiaus dekretu šioje koplyčioje vyksta nuolatinė (visą parą trunkanti) Švč. Sakramento adoracija. 2016 m. vasario mėn. 1 d. Kauno arkivyskupas metropolitas Lionginas Virbalas SJ įsteigė Kauno Švč. Sakramento rektoratą.