Naujosios apaštalų bažnyčios ištakos – Romos katalikų ir protestantiškos konfesijos. 1826 – 1832 m. Bažnyčios ir pagrindinių jos principų formuoti ėmėsi Bavarijos katalikų kunigas Georgas Lutzas ir Londono presbiterionų kunigas Edwardas Irvingas. E. Irvingas sukūrė pirminę bendruomenės struktūrą, kurioje svarbiausi yra 12 apaštalų, įšventintų pagal privačius apreiškimus (1832 m. įšventinti pirmieji apaštalai). Tikėta, kad apaštalai sulauks antrojo Kristaus atėjimo, tačiau iš dvylikos apaštalų likus šešiems, šie naujų šventinti nesutiko. 1863 m. Hamburge Vokietijos bendruomenių atstovai įšventinę savo apaštalą, sukėlė judėjimo skilimą (Naująja apaštalų Bažnyčia įvardinama Vokietijos bendrija).

Šiandien bažnyčia vienija 10 mln. narių ir veikia daugiau kaip 170 šalių, ją sudaro apie 50000 bendruomenių. Aukščiausias vadovas – vyriausiasis apaštalas, kurį renka visų apaštalų kolegijos nariai, reziduoja Ciuriche (Šveicarija). Organizacija suskirstyta teritoriniu principu, kiekvienai jų vadovauja vyriausiojo apaštalo paskirtas apaštalas. 2006 m. pasaulyje buvo daugiau nei 200 bažnyčios apaštalų.

Lietuvoje Naujoji apaštalų bažnyčia savo vaiklą XX a. pradžioje. 1902 m. pirmoji bendruomenė įsikūrė Karaliaučiuje, 1906 m. – Šilutėje, 1937 m. – Klaipėdoje ir Kybartuose. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia oficialiai Lietuvoje pradėjo veikti 1991 m., dar po trejų metų įšventinti maldos namai Vilniuje. Iki 2006 m. maldos namai buvo pastatyti ir Klaipėdoje, Kaune, Šilutėje, Šiauliuose, Kybartuose. Bažnyčios centras – Vilniuje.