Klaipėdos miesto Vykdomojo Komiteto sprendimu 1990 m. kovo 22 d. buvo išskirtas 3 ha. sklypas Romos Katalikų šv. Juozapo Darbininko bažnyčiai statyti Klaipėdos mieste, Smiltelės gatvėje. 1990 m. gegužės 10 d. buvo paskelbtas šv. Juozapo Darbininko bažnyčios projekto sudarymo konkursas. Konkursą laimėjusieji architektai: Saulius Plungė, Vladas Janulis, Gintaras Čičiurka ir konstruktorius Vincas Žemaitis 1991 suprojektavo šv. Juozapo Darbininko bažnyčios pastatą. Bažnyčios statybos leidimas gautas 1992 m. ir pradėta statyti ūkio būdu tikinčiųjų lėšomis. Statybos darbus prižiūrėjo besikeičiantys klebonai: prelatas Bronislovas Burneikis, kun. Ladislovas Baliūnas, kun. Algis Baniulis, kun. Saulius Damašius ir kun. Vladas Gedgaudas. Statybas savo aukomis gausiai rėmė parapijos tikintieji, taip pat padėjo įvairios organizacijos. Tikintieji mielai talkino bažnyčios statybos darbuose, buvo organizuojamos talkos.