Įkūrus Klaipėdos universiteto Botanikos sodą, spygliuočių medžių ir krūmų sodinukų bei žaliųjų auginių padovanojo Kauno Vytauto Didžiojo ir Vilniaus universiteto Botanikos sodai, individualūs augalų kolekcionieriai. Šiuo metu KU Botanikos sodas bendradarbiauja su Lietuvos ir pasaulio botanikos sodais bei arboretumais (~ 100), vykdo sėklų ir žaliųjų auginių mainus, kaupia auginamų augalų sėklų fondą. Dėl šios priežasties augalų kolekcijos nuolat papildomos naujais augalais.

Dekoratyviniai ir kiti ekonominiu požiūriu vertingi augalai kaupiami ir eksponuojami keturiose kolekcijose: dendrologinėje (spygliuočių ir lapuočių augalų), vaistinių ir prieskoninių augalų, žolinių dekoratyvinių augalų, rožių. Taip pat lankytojai kviečiami apžiūrėti kuriamas pajūrio kopų augalų ir svogūninių augalų kolekcijas, vijoklinių augalų ekspoziciją, etnografinį darželį. Medelių, krūmų bei gėlių dauginimui įveistas medelynas, atnaujinta pagrindinė apžvalgos aikštelė, pastatytas kabantis tiltas.

Šiuo metu Botanikos sode eksponuojama 3 349 taksonų augalai (2014 12 31 duomenimis). Introdukuotos augalijos kompozicijai vientisumo ir brandumo suteikia natūrali augmenija – teritorijoje natūraliai auga daugiau nei 250 augalų rūšių. Didžioji dalis jų – žoliniai augalai, o sumedėjusių augalų rūšinėje įvairovėje vyrauja paprastieji klevai (Acer platanoides), juodalksniai (Alnus glutinosa (L.) Gaertn.), baltalksniai (Alnus incana (L.) Moench), paprastosios ir vėlyvosios ievos (Prunus padus, Prunus serotina Ehrh. ), europiniai ožekšniai (Euonymus europaeus L.).