Dabar iš viso vienuolyno ansamblio išlikusi tik mūrinė bažnyčia, šventoriaus tvora ir dešinėje šventoriaus pusėje stovinti XIX a. I-oje pusėje pastatyta Šv. Roko koplyčia. Vienuolės benediktinės Kražiuose įsikūrė 1639 m. Joms dovanotame žemės sklype buvo pastatyti vienuolynas ir bažnyčia. Pasenus mediniams vienuolyno pastatams,1757 – 1762 m. buvo pastatyta mūro bažnyčia. Ją suprojektavo buvęs Kražių jėzuitų kolegijos ir Vilniaus universiteto profesorius jėzuitas, matematikas, architektas Tomas Žebrauskas. Bažnyčiai buvo suteiktas Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo titulas.

1891 m. Rusijos caras, siekiant sumažinti katalikiškų vienuolynų ir bažnyčių skaičių, davė įsakymą uždaryti Kražių benediktinių vienuolyną, jo bažnyčią ir kapines, o seseris perkelti į Kauno to paties pavadinimo vienuolyną. Kražių gyventojai kreipėsi į visas instancijas prašydami neuždaryti vienuolyno bažnyčios. Į tai nebuvo atsižvelgta. 1893 m. vienuolės prievarta išvežtos į Kauną. Apie tai sužinoję žmonės pradėjo rinktis ir budėti dieną ir naktį pasiryžę neleisti uždaryti bažnyčios. 1893 m. lapkričio 22 – 23 d. tarp taikių vietos gyventojų ir caro valdininkų bei kazokų įvyko kruvinas susirėmimas. Jo metu žuvo 9 žmonės, apie 54 buvo sužeista. 1894 m. vyko kražiškių teismas. Buvo apkaltintas 71 žmogus. Šis įvykis plačiai nuskambėjo visame pasaulyje, visuomenė pasipiktino caro vykdyta politika ir jo valdininkų žiaurumu. Šis įvykis buvo pavadintas Kražių skerdynėmis ir tapo simboliu, ginant katalikų tikėjimą ir lietuvybę ateinančioms kartoms. Nepaisant šio žmonių pasipriešinimo bažnyčia ir vienuolynas buvo uždaryti iki pat 1908 m. 1910 m. parapijiečiams leista šia bažnyčia naudotis kaip parapine.

Šiuo metu bažnyčia yra veikianti. Atvykę turistai gali apžiūrėti dvibokštę, vėlyvojo barokinio stiliaus bažnyčią, dominuojančią miestelio panoramoje. Viduje vis dar tebestovi suolas menantis kraupias Kražių skerdynes. Pasakojama, kad prie jo kazokai buvo pririšę savo arklius. Bažnyčios interjere dominuoja centrinis barokinis altorius. Taip pat čia galima išvysti vienus didžiausių Žemaitijoje vargonus.