Bažnyčia pastatyta 1610–1617 metais Jono Karolio ir Sofijos Chodkevičių fundacija (restauruotas 1971–1978 m., 1980–1982 m.). Tai viena seniausių išlikusių gotikos ir renesanso bruožų bažnyčia Žemaitijoje. Joje yra septyni altoriai, sukurti XVII amžiuje, drožinėtomis skulptūromis puošta sakykla. Po centriniu altoriumi palaidoti fundatorių Chodkevičių šeimos nariai. Visi sarkofagai – unikalūs kultūros paminklai. Reikšminga sakralinė vertybė – XVII a. Šv. Antano altorius ir paveikslas.

Su I Šv. Pranciškaus ordino vienuolyno įkūrimu neatsiejamai susijęs ir Kretingos miesto atsiradimas, istorinė raida, katalikybės įsitvirtinimas pajūrio krašte. Žymus Lietuvos karvedys ir Kretingos dvaro savininkas Jonas Karolis Chodkevičius 1602 metais įkūrė Kretingoje bernardinų (pranciškonų observantų) vienuoliją, kuriai patikėjo rūpintis pirmąja Kretingos bažnyčia ir valsčiaus gyventojų sielovada. 1605-1617 m. jiems pastatė Viešpaties apsireiškimo Švč. Mergelei Marijai bažnyčios ir vienuolyno statinių ansamblį. Nuo 1912 m. Kretingos vienuolynas buvo Lietuvos pranciškonų dvasinis ir administracinis centras. 940 m. sovietų valdžia vienuolyną uždarė, tačiau Atgimimo laikais į Kretingą sugrįžę broliai pranciškonai pratęsė misionierišką ir edukacinę veiklą. Pranciškonai suaktyvino miesto gyvenimą rengdami pačią gražiausią miesto šventę – Šv. Antano atlaidus, Kalėdų nakties mišias, poezijos vakarus.

Kretingos bažnyčia - viena aukščiausių Lietuvoje, pagrindinio pietvakarių fasado centre esantis bokštas yra 60 m (su kryžiumi – ~70 m) aukščio.