Senovėje 2 km nuo Kriklinių, Moliūnų dvaro piliakalnyje, miškuose, stovėjo koplytėlė, į kurią vykdavo melstis ir Kriklinių žmonės. Po kiek laiko koplytėlė perkelta į Kriklinius. Retkarčiais atvykdavo iš Pumpėnų karmelitas ir laikydavo pamaldas. Pirmoji medinė bažnyčia vietos gyventojų rūpesčiu pastatyta 1781 m. Ji buvo Pumpėnų parapijos filija. XIX a. veikė parapinė mokykla. 1897 m. bažnyčia perstatyta ir padidinta, pristačius šonuose po koplyčią. Pastatyta varpinė. 1926 m. įkurta parapija. 1948 m. klebonas F. Zinevičius ir vargonininkas B. Merfeldas apkaltinti partizanų rėmimu ir suimti. Bažnyčią suremontavo klebonas Pranciškus Masilionis (1902–1980).

Bažnyčia liaudies architektūros formų, lotyniško kryžiaus plano (20x8 m), dvibokštė, vienanavė. Įrengti 3 altoriai. Šventoriaus tvora akmenų mūro. Jame stovi medinė varpinė.

Bažnyčios ir varpinės ansamblis stovi nuo 1897 m. Varpinėje tik vienas varpas, bet pasakojama, esą kitas užkastas kažkur šventoriuje – paslėptas nuo pasaulinių karų. Iki šiol visos varpo paieškos baigėsi nesėkmingai... Vieninteliam varpui (ø 70 cm) pagaminti 1930 m. lėšas suaukojo iš Kriklinių krašto į Ameriką išvykę ir ten prasigyvenę žmonės. Tai buvo jų dovana bažnyčiai Vytauto Didžiojo mirties 500-ųjų metinių proga. Varpinės pirmajame aukšte ant sienos prikalta lentelė su pagrindinių rėmėjų pavardėmis.