Pirmoji medinė bažnyčia Linkuvoje buvo pastatyta 1500 m., 1570–1606 m. joje meldėsi evangelikai reformatai. Nuo 1606 m. ji – vėl katalikų bažnyčia. 1634 m. Žemaičių vyskupas Jurgis Tiškevičius Linkuvoje fundavo senosios regulos karmelitų vienuolyną. Jiems buvo perduota parapinė Linkuvos bažnyčia. 1689 m. bažnyčia galutinai atiteko karmelitams, kurie prie mūrinės bažnyčios ties didžiuoju altoriumi pristatė medinę dalį. Išgyvenę čia apie 200 m., administravę parapiją, rūpinęsi mokslu ir švietimu, senelių ir ligonių priežiūra, karmelitai paliko Linkuvai unikalų bažnyčios ir vienuolyno ansamblį su visais turtais ir meno vertybėmis. Atstatyta mūrinė bažnyčia konsekruota 1745 m.