1806 m. žemės sklypą kapinėms nupirko Vilniaus miesto tarybos narys Gotfridas Hahnas. Laidoti šiose kapinėse pradėta 1809 m. Iš pradžių kapinės buvo skirtos tik evangelikams liuteronams, o nuo 1830 m. ir evangelikams reformatams (kalvinistams). 1819 m. kapinės buvo aptvertos aukšta mūro tvora, įrengti geležiniai vartai, o abipus jų pastatyti nedideli namukai, kuriuose gyveno duobkasiai, iš rinkliavų išlaikomi elgetos ir invalidai. Kapinių centre priešais vartus buvo pastatyta architekto Karolio Šildhauzo suprojektuota koplyčia. Kapinėse buvo daug šeimyninių koplyčių-mauzoliejų. Iki šiol išlikusi Niškovskių koplyčia-mauzoliejus.
Didelis Evangelikų kapinių plotas leido suprojektuoti taisyklingas alėjas, būdingas tuomet viešpatavusiam klasicizmui. Tai - vienintelės tokio išplanavimo kapinės Vilniuje. Kapinės buvo jaukios, tvarkingos, gausiai apželdintos. Kadangi evangelikų bendruomenės Vilniuje nebuvo gausios, laidojimai nebuvo tankūs - teritorija priminė parką. Tarp daugelio kuklių tipinių laidojimo laikotarpiui antkapinių paminklų būta ir prabangių, monumentalių paminklų, obeliskų. Kapinėse laidoti įvairių tautybių žmonės, šaltiniuose užfiksuoti antkapinių paminklų įrašai lotynų, lenkų, vokiečių, prancūzų, rusų ir baltarusių kalbomis. Kapinės uždarytos Vilniaus miesto vykdomojo komiteto 1958 m. sprendimu, likviduojant kapinių dalį, kurioje turėjo būti statomi Profsąjungos kultūros rūmai. 1962 m. nuspręsta visiškai likviduoti Evangelikų kapines, jas paverčiant parku. Vilniaus visuomenė ir inteligentija rinko parašus dėl kapinių išsaugojimo. Vykdomojo komiteto Kultūros skyriuje buvo sudaryta komisija, turėjusi išaiškinti žymių kultūros ir meno veikėjų kapus. Tik nedaugelio asmenų antkapiniai paminklai 1962 m. buvo perkelti į kitas (Rasų, stačiatikių Liepkalnyje, Saltoniškių Vilniuje ar Petrašiūnų Kaune) kapines.
Neatmetama galimybė, kad kiti paminklai buvo panaudoti statyboms. 1972 m. pab. - 1973 m. pr., prieš pradedant statyti Santuokų rūmus, sunaikinti dar išlikusios kapinių pietinės dalies kapai ir antkapiai. Nugriauta K. Šildhauzo koplyčia-mauzoliejus.
