Muziejus įkurtas ir atidarytas prieš 50 metų, 1967 m., švenčiant gimnazijos 100 – metį. Pagrindiniame ir pagalbiniame fonduose sukaupta per 9500 eksponatų. Ekspozicijose atsispindi senosios Marijampolės gimnazijos istorija, jos raida nuo carinės Rusijos valdymo metų iki atkurtos Nepriklausomybės. Čia sužinosite apie žymiausius gimnazijos auklėtinius, stovėjusius prie Lietuvos valstybingumo, kultūros, lietuvybės ištakų (J. Basanavičių, V. Kudirką, P. Kriaučiūną, J. Jablonskį, A. J. Greimą, V. Mykolaitį – Putiną, pal. J. Matulaitį, čia besimokiusius 1918 m. Vasario 16 – osios Nepriklausomybės akto signatarus, daugybę mokslininkų ir menininkų). Svarbiausias muziejaus tikslas – priminti lankytojams sudėtingą, skaudžią Sūduvos krašto ir visos Lietuvos istoriją, patraukti jaunimą, ugdyti patriotizmą ir altruizmą. Muziejus siūlo įvairias edukacijas.

Marijampolės Rygiškių Jono gimnazijos istorijos muziejus – gimnazijos širdis, pamėgtas turistų, tapęs gausiai lankytinu miesto objektu.