Klasicistinio stiliaus mūrinė bažnyčia puošia Mielagėnų kaimelį ir savo forma šiek tiek primena Vilniaus arkikatedra bazilika. Šioje vietoje mūrinė bažnyčia stovi jau nuo 1790 metų.

1760 m. Kuršo bajoro Grafo iniciatyva pastatyta pirmoji medinė bažnyčia. Mūrinė bažnyčia pastatyta 1779-1790 m. Livonijos kunigaikštystės vaisko Kazimiero Kublickio rūpesčiu. 1790 m. bažnyčią šv. Jono Krikštytojo vardu pašventino klebonas, Livonijos kanauninkas Vaitiekus Odolinskis. 1838 m. bažnyčią restauruota, jai suteikta klasicistinė išvaizda. 1858 m. kapinėse pastatyta mūrinė koplyčia. 1908 m. kunigo Placido Šarkausko rūpesčiu bažnyčia atnaujinta. 1925-1939 m. klebonavo švietėjas, lietuvybės puoselėtojas kun. Karolis Gumbaragis. Bažnyčia yra kultūros paminklas. Šoninėse fasado nišose yra Šv. Petro ir Šv. Povilo statulos, turinčios antikinių bruožų. Šių skulptūrų bei paveikslų bažnyčioje ir Justinos ir Kazimiero Kublickų epitafijų autorius Vincas Smakauskas (Kublickų žentas). Interjero įrenginius sukūrė meistras Labanovskis. Išraiškingų formų ir proporcijų, vėlyvojo klasicizmo ir romantizmo stiliaus vartai su varpine yra šventoriaus tvoros vakarinėje dalyje. Pastatyti apie 1830 m. Tvora gerai išlikusi, sumūryta iš akmenų, papuošta smulkios skaldos mozaika.