Nuo 1421 iki 1842 m. Mosėdis buvo Žemaičių vyskupų valda, kurioje 1544 m. pastatyta pirmoji šiaurės vakarų Žemaitijoje bažnyčia.

1773-1783 m. išmūryta dabartinė Šv. arkangelo Mykolo bažnyčia. Ji tinkuoto mūro, vėlyvojo baroko stiliaus, kryžminio plano, trijų navų. Iš pradžių buvusi bebokštė, 1811 m. pristatytas medinis, o 1844 m. – du mūriniai bokštai. 1850 m. bažnyčią konsekravo vyskupas M. Valančius.

Šventorių juosia aukšta akmenų mūro tvora su tinkuoto mūro vartais, kuriuose stovi bažnyčios globėjo Šv. arkangelo Mykolo skulptūrinė grupė (aut. J. Pušinskas). Palei tvorą šventoriuje stūkso degtų plytų mūro koplytėlės su "Kalvarijos kalnų" stočių skulptūriniais paveikslais (1901).

Šalia bažnyčios yra klebonija, kurioje 1895–1898 m. gyveno Mosėdyje vikaravęs rašytojas J. Tumas-Vaižgantas, puoselėjęs lietuvybę, raginęs aplinkinių parapijų tikinčiuosius rašyti rusų valdžiai prašymus, kad būtų grąžinta lietuviška spauda lotyniškais rašmenimis.