Kada įkurta pirmoji Naudvario rezidencija, istorinių žinių nėra. Žinoma, kad XVIII a. ji tikrai egzistavo. Stanislovas Kerbedis 1787 m. įsigijo Naudvario dvarą. 1790 m. dvarą paveldėjo jo žmona ir vaikai. XIX a. pr. Naudvaris priklausė vienam iš vaikų - Valerijonui Kerbedžiui. 1810 m. Naudvaryje gimė Stanislovas Kerbedis, vėliau tapęs žymiu inžinieriumi, tiltų ir hidrotechninių įrenginių projektuotoju. 1835 m. dvarą paveldėjo Mykolas Kerbedis. Jam valdant, XIX a. vid. sukurtas iš esmės naujas sodybos ansamblis - pastatyti nauji rūmai, svirnai, oficina, ūkiniai pastatai. Dvare veikė plytinė ir spirito varykla. 

Po Mykolo Kerbedžio mirties 1893 m. Naudvaris atiteko Valerijonui Kerbedžiui. Jam mirus, nuo 1905 m. dvarą valdė našlė Gabrielė Kerbedienė, 1926 m. - Zigmas Straševičius. Prieš II pasaulinį karą dvare gyveno gamtininkas Valerijonas Straševičius ( 1885-1968). 1940 m. dvaras nacionalizuotas. Jame įsikūrė kolūkio centras, kontora, rūmuose veikė pradinė mokykla. Šiuo metu dvaro pastatai priklauso Panevėžio rajono savivaldybei.

Dvaro sodyba yra įrašyta Lietuvos Kultūros vertybių registrą ir saugoma valstybės.