Bažnyčios ir kaimo istorija glaudžiai susijusi su bajorų Žilinskų giminės istorija. Klasicizmo epochos spindulys dzūkų giriose, Vilniaus universiteto auklėtinio architekto Karolio Gregotovičiaus projektuota Nedzingės bažnyčia primena antikinę šventovę. Galima sakyti, jog tai Žilinskų giminės mauzoliejus. Senoliai pasakojo, kad mūrijant bažnyčią plytas nuo Varėnos iki Nedzingės žmonės perdavinėdavo per rankas, dirbdavę visi aplinkinių ir Nedzingės kaimo vyrai.