Notėnuose pirmiausiai 1789 m. buvo pastatyta tik kapinių koplyčia, žemės tam skyrė Gintališkės seniūnas. 1906-1909 m. koplyčia buvo perstatyta į bažnyčią. Bažnyčia medinė, kryžminio plano, dvibokštė. 1929 m. įkurta parapija.

Bažnyčioje stovi XVIII a. pabaigoje statyti nežinomo meistro 10 registrų vargonai. 1821 m. bažnyčios inventoriuje minimi vargonai, kurie su būgnu ir varpeliais turėję 13 registrų. 1877 m. vargonus taisė Dominykas Pinevičius. Vėliau vargonai buvo dar keletą kartų remontuoti, perdirbtas vamzdynas, didžioji dalis istorinių dalių sunaikinta. Į paminklinių vargonų sąrašą įrašyti 1971 m.

Bažnyčią puošia originalūs šventoriaus vartai. Iki Antrojo pasaulinio karo vartai buvo kitokie – abiejose jų pusėse esančiose nišose stovėjo skulptūros. Remontuojant apgriautus vartus, visose nišose už stiklo buvo įstatyti paveikslai.

Šventoriuje yra valminiu stogu dengta koplyčia, pastatyta XVIII a. ir neaukštas metalinis kryžius, kurį caro valdžios metais pastatė parapijos moterys, kad jų vyrai ir sūnūs sveiki grįžtų iš karo.

Notėnų Šv. Kotrynos bažnyčioje kasmet rugpjūčio mėnesį vyksta Obuoliniai atlaidai.