Paežerių gyvenvietė nuo seniausių laikų įėjo į vieno didžiausių Žemaitijoje Dirvėnų valsčiaus sudėtį. Paežerių kaimas ir Nelindos ežeras minimas 1561, 1563, 1584 m. Dirvėnų valsčiaus inventoriuose. XVII a. vid. Dirvėnų dvaras su kaimais ir palivarkais perėjo bajorų Nagurskių giminės nuosavybėn, kurie jį valdė iki 1940 m. Nagurskiai buvo turtingi ir įtakingi Žemaitijos bajorai, savo galybės apogėjų pasiekę XVIII a. II p., kai paveldėję Kurtuvėnų dvaro valdas ir prijungę Dirvėnų dvarą su kaimais, tapo kone turtingiausiais Lietuvos žemvaldžiais. XIX a. pr. Paežeriams tapus Dirvėnų dvaro palivarku, čia įsikūrė bajoro-nuomininko dvarelis. 1902 m. 725 ha. žemės valda, į kurią įėjo ir Paežerių palivarkas, atiteko vienam iš Liucijaus Nagurskio (mirusio 1902 m.) sūnų Zigmantui Nagurskiui (1862-1938). Apie 1900 m. jis su žmona Ana Ciundzievska (1874-1963) persikėlė gyventi iš Dirvėnų į Paežerius. Čia 1910 m. pastatyti nauji rūmai, užsodinas parkas, į kurio struktūrą buvo įtrauktas ir senasis sodas. Vykdant 1922 m. žemės reformą, Paežerių dvaro savininkui palikta apie 150 ha. žemės.

1940 m. dvaras nacionalizuotas. Pokario metais Paežerių architektūrinis ansamblis priklausė tarybiniam ūkiui, čia gyveno kelios darbuotojų šeimos. Sovietmečiu buvusiame dvare įsikūrė Pavenčių cukraus fabriko poilsio bazė. Šiuo metu Paežerių dvaro sodybos fragmentai priklauso Šiaulių rajono savivaldybei.