Pagėgiuose katalikų bažnyčia pastatyta 1929–1930 m. 1932 m. gruodžio 19 d. įkurta parapija. Antrojo pasaulinio karo išvakarėse parapijai priklausė apie pusantro tūkstančio katalikų. Po karo bažnyčios pastatą valdžia nusavino, vėliau nugriovė, paliko tik bokštas. Katalikai kartu su liuteronais meldėsi mūrinėje liuteronų kapinių koplyčioje. 1994 m. pradėta statyti nauja bažnyčia - architektai Vaidotas Kuliešius, Gintas Natkevičius. Pirmiausia įrengta koplyčia, 1996 m. užbaigtas montuoti stogas ir tų pačių metų Kalėdų šventėms jau rinkosi tikintieji. 1997 m. bažnyčią pašventino parapijos klebonas Petras Šiurys. Nuo 2009 m. pamaldos laikomos ir pačioje bažnyčioje, kuri baigta klebono Vytauto Gedvainio rūpesčiu.