Pirmoji Pakruojo bažnyčia pastatyta 1630 m. Maža medinė bažnytėlė stovėjo senose Pakruojo kapinėse. Antroji bažnyčia, pastatyta 1750 m., buvo didesnė. Turėjo 6 altorius, 2 koplyčias, Kryžinės formos, medinė. Vienoje iš koplyčių buvo įrengtą zakristija, o kitoje – Marijos altorius. Šios bažnyčios fundatorius – Pakruojo dvaro savininkas Jonas Zabiela. Maždaug 1977 metais, ruošiant centrinį šildymą buvo atkasti šios bažnyčios pamatai ir laiptai į rūsį. Antroji bažnyčia stovėjo dabartinės bažnyčios vietoje, 127 metus. Dabartinė – trečioji bažnyčia – pastatyta 1887 m., buvo pavadinta Šv. Jono Krikštytojo vardu. Šios bažnyčios statyba rūpinosi tuometinis bažnyčios klebonas S. Tamkevičius, jam padėjo parapijiečiai ir Pakruojo dvaro savininkas Roppas. Dvarininkas bažnyčios statybai davė miško, plytų, kalkių, kitaip finansavo statybas.

Bažnyčia istoristinė, turi neoromaninės architektūros bruožų, kryžminio plano, dvibokštė. Vidus 3 navų. Šventoriaus tvora mūrinių stulpų ir geležinių grotelių.