Šlaite įrengtais betoniniais laipteliais nuo senojo trakto (Vilniaus - Kauno kelio) pakylama prie koplyčios priekinio fasado. Priešais koplyčią stovi senas ilgas mūrinis vienaukštis pastatas. Manoma, kad anksčiau, kelio klestėjimo metais, jame buvo įsikūrę pakelės namai.
Barokinė koplyčia, manoma, pastatyta vienuolių jėzuitų XVII a. pradžioje. Iš pradžių toje vietoje buvo medinis stulpas. Tuo metu vyskupas Simonas Visockis organizuodavo procesijas iš Trakų į Vilnių. Paneriuose buvo pradėtas statyti koplytstulpis su Viešpaties kančios statula – tarsi tarpinis punktas, kad žmonės galėtų pailsėti, pasimelsti. Vėliau toje vietoje atsirado koplytėlė. XVII a. jau minima medinė koplyčia. 1856 m. Vilniaus vyskupas perstatė ir papuošė Panerių Šv. Jėzaus Nukryžiuotojo koplyčią. Prie jos buvo įkurta špitolė.