1727 m. Vilniaus kapitulos kanauninkas Kristupas Belozaras ir Bernatonių seniūnas Kristupas Domaskis su žmona Konstancija įkurdino pijorų vienuolius, dovanojo jiems Pauslavo dvarą su 6 kaimais ir įpareigojo įsteigti bei išlaikyti gimnaziją. 1727-1728 m. pastatyta medinė bažnyčia, vienuolynas ir mokykla. 1741 m. pijorai dar gavo Daumėnų dvarą su 6 kaimais; 1743 m. skirta daugiau žemių. 1790 m. bažnyčia, vienuolynas, mokykla ir ūkiniai trobesiai sudegė. Po gaisro pastatytas mūrinis vienaaukštis vienuolynas, 1803 m. - nauja bebokštė akmenų mūro bažnyčia. Iš pradžių ji aptarnavo tik vienuolyną ir mokyklą. Sudegus Upytės bažnyčiai, pijorai turėjo aptarnauti ir dalį Upytės parapijiečių, rašyti metrikus. Bažnyčia buvo per maža, todėl kapinėse pastatyta nedidelė medinė bažnytėlė (koplyčia), skirta vienuoliams ir jų mokiniams. Po 1831 m. sukilimo Rusijos administracija pijorų vienuolyną, bažnyčią ir gimnaziją uždarė. Buvo suimti keli kunigai. Vienuolyno žemės atiduotos stačiatikių parapijai, rūmai paimti kariuomenės reikalams, knygynas ir bažnytiniai reikmenys perduoti Ukmergės bažnyčiai. Atimtoji bažnyčia nenaudota, 1847 m. paversta cerkve. Miesto gyventojai naudojosi kapinių koplyčia, bet 1864 m. pijorų kapinės iš katalikų buvo atimtos, koplyčia uždaryta. 1872 m. koplyčia nugriauta, ant jos pamatų pastatyta cerkvė. Per Pirmąjį pasaulinį karą vokiečiai bažnyčioje buvo įrengę karo belaisvių stovyklą. 1918 m. bažnyčia grąžinta katalikams,kurie ją suremontavo (įrengė 3 altorius, parvežtus iš Klovainių, vargonus, nugriovė cerkvės bokštelius). Remonto ir įrengimo darbais daugiausia rūpinosi gimnazijos kapelionas kunigas Juozapas Ruškys. 1919 m. laikytos pirmosios katalikų pamaldos. Atnaujintoji bažnyčia daugiausia buvo skirta moksleiviams ir kariams. Kurį laiką pamaldos dar laikytos ir klebonijoje įrengtoje koplyčioje. 1927 m. Panevėžio vyskupas perdavė bažnyčią marijonams. Rektorius marijonas kunigas Jurgis Tilvytis išpuošė bažnyčios vidų. Bažnyčią konsekravo vyskupas Kazimieras Paltarokas. 1936 m. išdažytas vidus. 1944 m. bažnyčia gerokai nuniokota. Po karo rektorius kunigas Stasys Mažeika bažnyčią suremontavo, sutvarkė altorius, pakabino daug paveikslų. Netrukus bažnyčią valdžia uždarė. Nuo 1989 m. vėl veikia.