Pirmoji bažnyčia pastatyta iki 1522 m. Netrukus, XVI a. II-oje pusėje, ją pasisavino evangelikai reformatai. 1609 m. ji gražinta katalikams. 1649 m. LDK iždininkas Stanislovas Beinartas Paparčiuose įkurdino dominikonus, kurie senosios medinės bažnyčios vietoje pastatė naują mūrinę bažnyčią. Daugiau kaip 300 metų bažnyčia priklausė dominikonų vienuolynui. 1891 m., praėjus 27 metams nuo vienuolyno uždarymo (1864), bažnyčia ir vienuolynas nugriauti. 1907 m. parengtas mūrinės bažnyčios projektas. 1915 m. į Paparčius paskirtas kunigas Jurgis Zimkus. Jo rūpesčiu 1916 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia (projekto autorius - žinomas to meto architektas A. Filipovičius-Dubovikas). 1949 m. bažnyčia suremontuota, jos vidus kunigo A. Dumbliausko rūpesčiu išpuoštas.

Naujos Šv. vyskupo Stanislovo ir šv. Pranciškaus Asyžiečio šventovės interjere buvo pritaikyti senieji, dar dominikonų laikus menantys dekoro elementai. Į didijį altorių įkeltas malonėmis garsėjantis XVII a. paveikslas "Švč. Mergelė Marija Snieginė" (virš kurio atskirai pakabinti šio paveikslo aptaisai) ir baroko formų tabernakulis. Atpirkėjo kančią iiustruoja meniškos baroko stilistikos medinės skulptūros "Jėzus prie stulpo" ir "Nukryžiuotasis". Taip pat išsaugotos lobyne laikomos senųjų altorių dalys, iš kurių itin išsiskiria dominikonų šventųjų - šv. Domininko, šv. Tomo Akviniečio, šv. Pijaus V - skulptūriniai atvaizdai.