Bažnyčios dokumentuose nurodoma, jog ji statyta paties Vytauto Didžiojo. 1777 m. čia buvo įkurta parapija ir pastatyta maumedžio rąstų bažnyčia. Perlojiškiai, carinės okupacijos metais netekę galimybės ja naudotis, suprojektavo naują, aukštą neogotikinę, tačiau pastatyti ją pavyko tik 1930 m. Įdomu tai, kad vokiečių okupacijos metais bažnyčią dekoravo žymus Varšuvos meno akademijos profesorius Jurgis Hopenas, tuo metu paimtas vokiečių nelaisvėn.