1941 m. rugsėjo viduryje (apytikriai 15 d.) buvo sušaudyti Pilviškių žydai - moterys, vaikai ir seneliai. Žudynės buvo vykdomos toje pačioje vietoje kaip ir žydų vyrų. Tą dieną iš Vilkaviškio atvyko sunkvežimis vokiečių kareivių. Žudė keli Pilviškių komendantūros vokiečiai ir vietinio savisaugos būrio policininkai. Mirčiai pasmerkti žydai buvo surinkti į turgaus aikštę, o iš ten varomi į pievą prie Baltrušių kaimo. Prieš sušaudymą aukos buvo susodinamos pievoje, joms buvo liepiama nusirengti viršutinius drabužius bei atiduoti turimas brangenybes. Po to grupėmis po 10-15 žmonių varė prie griovio ir šaudė. Šaudymui vadovavo vokietis iš komendantūros. Vokiečiai šaudė automatais, o lietuviai šautuvais. Iš viso buvo sušaudyta apie 700-800 moterų, vaikų i senelių. Dalis Pilviškių žydų buvo išvežti į Marijampolę, Vilkaviškį ir Kauno getą. Kai kuriems, patekusiems į Kauno getą, pasisekė likti gyviems ir sulaukti nacių okupacijos pabaigos.