Plutiškėse 1791 m. pastatyta koplyčia. Ji 1801 m. tapo Prienų parapijos filija. Klebonas Simonas Mackevičius 1839 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią. Ją 1841 m. konsekravo vyskupas Povilas Strašinskis. Po 1863 m. Plutiškių administratoriumi buvo kunigas Motiejus Brundza (1824–1870 m.), spaudos draudimo laikais populiaraus "Lementoriaus" (išspausdintas 1859 m.) autorius; palaidotas Plutiškių kapinėse. 1906 m. įsikūrė "Žiburio" draugijos skyrius, 1907 m. įsteigęs biblioteką – skaityklą. Po 1915 m. įkurta parapija. Bažnyčia tradicinio gyvenamojo namo formos, stačiakampio plano, vienabokštė, su apside. Šventorius aptvertas.