Pirmoji medinė Prienų bažnyčia pastatyta 1609 m. 1655 m. per karą ji sudegė. 1674 m. pastatyta antroji bažnyčia, jai pasenus 1750 m. iš pušies rastų pastatyta dabartinė trečioji. 1783 m. sustiprinti bažnyčios pamatai, lentomis apkaltos sienos, šventorius aptvertas tvora. 1873 m. suremontuoti bokštai. 1850 m. pastatas atnaujintas, o 1875 m. perstatytos abi koplyčios.

Bažnyčios planas graikiško kryžiaus formos, trinavis. Vidurinę navą pratęsia presbiterija su trisiene apside. Šoniniuose sparnuose esančių koplyčių galai taip pat trisieniai. Pagrindinio fasado kompozicija, likusi iš XVIII a. vidurio, yra būdinga Baroko stiliui. Fasado kampuose stovi kvadratiniai, į tris tarpsnius suskaidyti bokštai. Šoniniuose fasaduose ant koplyčių ir presbiterijos stigų kyla liekni bokšteliai. Bokštų ir bokštelių viršūnės užbaigtos Barokinio silueto šalmais.

Bažnyčios viduje navas skiria originali arkada su suporintais stulpais. Vyrauja triskart platesnė ir šiek tiek aukštesnė už šonines navas erdvė. Presbiterijos pradžią žymi sija su krucifiksu. Navos ir presbiterijos lubos lenktais kraštais, o palubę vainikuoja plataus profilio karnizas. Frizą ir lubas puošia tapyti augaliniai ornamentai. Bažnyčios interjerui didelę reikšmę turi penki aukštos meninės vertė altoriai, sakykla, vargonų prospektas, įrengtas chore, kuris atitvertas barokiškai išlankstyta tvorele. Prienų bažnyčia yra vienas seniausių ir gražiausių sakralinių pastatų Vilkaviškio vyskupijoje.