Punios senosios žydų kapinės yra XVIII a. pab. - XIX a. pr. Šaltiniai atskiras žydų šeimas Punioje mini nuo XVIII a. vidurio. 1783 – 1784 m. gyveno 3 žydų šeimos. 1790 m. LDK gyventojų surašymo metu Punios "mieste" nurodyti 127 žydai vyrai. 1863 m. Punioje gyveno apie 200 žydų. 1897 m. iš 1133 gyventojų 1045 buvo žydai. Vokietijos karo žvalgybos duomenimis prieš Pirmąjį pasaulinį karą Punioje buvo 1182 gyventojai – iš jų "daug žydų". 1941 m. Vokietijai okupavus Lietuvą, Punios žydų bendruomenė sunaikinta: 1941 m. rugpjūtį jie perkelti į Butrimonių getą, o 1941 m. rugsėjo 9 d. sušaudyti Klydžionių kaime.

Punios senosios žydų kapinės įtrauktos į Nekilnojamųjų kultūros vertybių registrą.