Bažnyčia pastatyta 1863 m., vietoj prieš šešerius metus sudegusios senosios. Jos architektūra – baroko ir klasicizmo junginys. Pirmoji bažnyčia Punioje pastatyta 1425 m., manoma, kur dabar stovi bokšto formos mūrinė koplytėlė, skirta 1831 m. sukilimo dalyviams atminti. Pasakojama, kad tuokart bažnyčią statyti paliepęs Vytautas Didysis, todėl jo atminimas gerbiamas iki šių dienų – bažnyčioje kabo šio kunigaikščio portretas.

Punios Šv. apaštalo Jokūbo bažnyčia įtraukta į Nekilnojamųjų kultūros vertybių registrą ir Šv. Jokūbo kelią Lietuvoje. Dėl apsilankymo bažnyčioje ne Mišių metu reikia tartis su klebonu nurodytu telefonu.