1610 m. minima medinė bažnyčia. Metrikų knygos rašytos nuo 1668 m. Antrąją medinę bažnyčią ir varpinę 1678 m. pastatė Trakų vaivada Martynas Oginskis. Statybai vadovavo kunigas Lukas Jonas Vaicekavičius. Tais pačiais metais ją konsekravo vyskupas Mikalojus Slupskis. M.Oginskis 1670 m. bažnyčiai dovanojo Alukėnų palivarką ir kaimą. 1674-1677 m. nurodyta, kad Raguvos bažnyčia yra viena didžiausių medinių bažnyčių Vilniaus vyskupijoje. 1745 m. minima supuvusi, kiauru bokštu bažnyčia, Klebono Mykolo Gulbinausko rūpesčiu suremontuota. 1749 m. pastatyta nauja klebonija. 1777-1863 m.veikė parapinė mokykla.

1798 m. bažnyčia sudegė. Klebono Jurgio Zubavičiaus iniciatyva 1816 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia, 1883 m. - mūrinė varpinė. 1887 m. bažnyčia padidinta, pristatytos šoninės koplyčios. Už lietuviškos spaudos platinimą Raguvos vikaras Kazimieras Domarkas (1869-1902) pusei metų uždarytas į vienuolyną ir penkeriems metams ištremtas iš Lietuvos (mirė Raguvoje). 1915 m. į Rusiją išvežti 3 varpai. Dailininkas Jonas Mackevičius 1929 m. išdažė bažnyčios vidų. Prelato J. Maciejausko ir Čikagos raguvių rūpesčiu bei lėšomis 1931 m. įsigyti 3 bronziniai varpai. Per Antrąjį pasaulinį karą 2 mažesnieji dingo. 1944 m. liepos 23-25 d. bombarduojant miestelį, nukentėjo ir bažnyčia, be to, išvogta daug jos inventoriaus. Sudegė klojimas, senelių prieglauda. Dalį vertingesnių reikmenų išgelbėjo kunigai Rapolas Kvedarauskas (1913-1945), raudonarmiečių nužudytas) ir Steponas Ramanauskas.

Bažnyčia liaudies architektūros, vyraujančių klasicizmo bruožų, kryžminio plano (28x14 m), su 4 kolonų portiku, bokšteliu. Vienanavė, turi 5 altorius. Šventoriaus tvora akmenų mūro. Jame stovi 3 aukštų mūrinė varpinė.