Kazimieras Leonas Sapiega apie 1650 m. pastatė bažnyčią. 1676 m. įsikūrusi Merkinėje jėzuitų misija aptarnavo ir Ratnyčią. 1762 m. pastatyta bažnyčia buvo Merkinės parapijos filija. 1826 m. sudegė klebonija su bažnyčios archyvu. Ratnyčioje vargonininkavo M. K. Čiurlionio tėvas Konstantinas Čiurlionis. Inžinierius Vaclovas Michnevičius 1903 m. suprojektavo mūrinę bažnyčią, vėliau statyta pagal kitą projektą. Į Ratnyčią 1904 m. paskirtas kunigas Pranas Bernotas 1905 - 1910 m. pastatė dabartinę mūrinę bažnyčią. P. Bernotas įsteigė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos ir "Ryto" draugijos skyrius. Kunigas A. Šimeliūnas nupirko varpus, pastatė altorių, tretininkų namus, subūrė bažnytinį chorą, styginį orkestrą. Nuo 1936 m. Ratnyčioje klebonavęs Antanas Gedgaudas atnaujino parapijos salę. Jis 1942 m. gestapo suimtas ir 1943 - 1945 m. kalintas Dachau koncentracijos stovykloje. Čia klebonavo tautosakos rinkėjas Pranas Bieliauskas (1883 - 1957). Ratnyčioje mirė vienas žymiausių Vilniaus krašto pamokslininkų, rekolekcijų vadovų, buvęs Sibiro tremtinys, jėzuitas Jonas Paukštys (1899 - 1965). Nuo 1965 m. parapiją administruojantis kunigas Antanas Andriuškevičius suremontavo bažnyčią. Ji 1978 m. spalio 28-osios naktį apiplėšta. Architektūra: bažnyčia turi neogotikos bruožų, stačiakampio plano, dvibokštė. Vidus 3 navų. Šventoriaus tvora akmenų ir plytų mūro, su mediniais statiniais.