Iki 1910 m. Rudnia su aplinkiniais kaimais priklausė Nočios parapijai ir savo bažnyčios neturėjo. 1910 m. Nočioje buvo pastatyta nauja mūrinė bažnyčia. Tuomet Rudnios gyventojai senąją medinę Nočios bažnytėlę nupirko, parsivežė į Rudnią ir čia pastatė vos per 1 metus. Taip pradėjo kurtis nauja Rudnios parapija.

Dabartinė bažnyčia pastatyta inžinieriaus techniko Antono Filipovičiau Duboviko projektą. Bažnyčia jau skaičiuoja antrą šimtmetį. Bažnyčios statytojas buvo kunigas Stanislovas Micevičius. Iš pradžių dirbti į Rudnios parapiją jis atvažiuodavo iš Dubičių, o nuo 1911 m. apsigyveno Rudnioje ir čia dirbo iki 1924 m. Tuo tarpu amžių sandūroje situacija statant bažnyčias buvo sudėtinga.

Bažnyčia 2014 metais restauruota, o prieš tai remonto meistrų rankas jautė tik 1962-70 metais kai Klebonavo klebonas Norkūnas. Šiandien bažnyčia yra veikianti. Dabartinis kun. A. Kibirkštis – dvidešimtas šioje šventovėje dirbantis kunigas. Ilgiausiai, net 20 metų, Rudnioje gyveno ir dirbo kun. Česlovas Tereškevičius (1976-1996 m.).