Tiksli šios bažnyčios pastatymo data nežinoma, tačiau dokumentų įrašuose matyti, kad ji pastatyta dar prieš 1570 m. Tai viena pirmųjų reformatų bažnyčių Lietuvoje. 1815 m ji buvo paversta "magazinu" – javų rezervo sandėliu nelaimės atvejams. 1919 m Deltuvą užėmę bolševikai čia ieškojo aukso ir išvartė rūsyje buvusius palaidojimus. 2-ojo pasaulinio karo metu vokiečiai susprogdino bažnyčios bokštą kaip galimą stebėjimo punktą. Šio sprogimo metu nukentėjo ir visas pastatas.