1570 m. Kruonio dvaras atiteko Oginskiams, vienai iškiliausių didikų giminių Lietuvos-Lenkijos valstybėje. Savo vardą ji pasirinko nuo nedidelio Uogintų kaimo, esančio netoli Kaišiadorių, pavadinimo. 1583 m. Kruonio savininkas Bohdanas Oginskis nustatė dvaro ribas. Valdant Oginskiams, XVII a. pradžioje dvare pastatyti puošnūs mūriniai renesanso rūmai su gražiomis, erdviomis salėmis ir kambariais, perdengtais kryžminiais skliautais su turtingu nerviūrų raštu, būdingu XVII a. pirmosios pusės architektūrai Lietuvoje.

Kruonis nukentėjo 1812 m. karo metu stipriai apgriauti ir vėliau neatstatyti dvaro rūmai (pilis), apniokota cerkvė. Šiuo metu piliavietė, vadinama Pilies griuvėsiais, yra archeologinis paminklas. Dvarvietėje vyko archeologiniai tyrimai. Radiniai saugomi Kaišiadorių muziejuje.