1923 m. kanauninkas Juozapas Kukta, 1922–1926 m. Vilniaus vyskupo Jurgio Matulaičio pavedimu valdęs Lietuvoje likusią Vilniaus vyskupijos dalį, įkūrė Saldutiškio parapiją. 1924 m. į Saldutiškį dirbti paskirtas iš Rusijos grįžęs klebonas Stanislovas Švėgžda. Bažnyčia įrengiama buvusiame dvaro ūkiniame pastate 1925 - 1928 m. ant jo akmenų mūro sienų surenčiama medinė bažnyčios dalis. Parapijos steigimu ir bažnyčios statyba rūpinasi ūkininkai Pelėda, V. Nasevičius, V. Stundžia, mokytojas J. Janonis. Žemės reformos komisija mūrinius Saldutiškio dvaro rūmus perdavė parapijai, juose įsikūrė klebonija. Bažnyčia pastatyta ant buvusio dvaro svirno pamatų, ant jų surentus medinę dalį su bokštais 1925–1928 m. 1938 m. vyskupas Juozapas Kukta Saldutiškio parapiją perdavė vienuoliams saleziečiams. Parapijos administratoriumi buvo paskirtas kunigas Juozapas Gustas (1906–1958), po Antrojo pasaulinio karo bolševikų suimtas, mirė Krasnojarsko srityje. Jam trumpą laiką talkininkavo kunigas J. Žemaitis (1938-1940 m. buvo vikaras). Vėliau darbavosi salezietis kunigas Juozas Frainas, bolševikų okupacijos buvo suimtas už antitarybinę veiklą ir 1949 m. ištremtas į Sibirą.

Bažnyčios apatinė dalis akmenų mūro, viršutinė – medinė, stačiakampio plano. Šonuose, prie apsidės yra 2 žemos zakristijos. Bažnyčia turi 2 masyvius pagrindinio fasado bokštus, vienanavė, joje įrengti 3 altoriai. Šventoriaus tvora medinė. Jo šiaurės rytų kampe stovi sandėliukas, rytuose – kryžius. Didžiajame altoriuje pavaizduotas Jėzaus Kristaus Atsimainymas (kasmet bažnyčioje minimi Atsimainymo atlaidai). Saldutiškio Šv. Pranciškaus Asyžiečio bažnyčioje yra istoriniai medinių vamzdžių vargonai, pagaminti XIX a. pradžioje ir 1928 metais atvežti iš Kuktiškių koplytėlės. Tai 1 manualo, 6 registrų instrumentas. Visi išlikę vargonų vamzdžiai mediniai, oro paskirstymo dėžė sklendinė, traktūra mechaninė.