XX a. šešto dešimtmečio pabaigoje kai pradėta daugiau dėmesio skirti kultūrai, susirūpinta tuo, ką mes dabar vadiname kultūros paveldo objektais, muziejinėmis vertybėmis. 1958 metų pradžioje vykstančiuose apylinkių pirmininkų, mokyklų direktorių ir kituose pasitarimuose pradėta kalbėti apie kultūros paminklų apsaugą, nykstančių etnografinių vertybių rinkimą ir netgi kraštotyros muziejaus įkūrimą. 1958 m. gegužės 12 d. jungtiniame Šeduvos Rajono Lietuvos Komunistų Partijos Komiteto ir Darbo Žmonių Deputatų Tarybos Vykdomojo Komiteto posėdyje sudaroma Šeduvos kraštotyros muziejaus steigimo komisija, kuri ėmėsi konkrečių darbų. Imtasi ieškoti patalpų, pradėta rinkti eksponatus, registruoti kultūros paminklus. Būsimam muziejui Šeduvos vidurinė mokykla perdavė mokinių surinktus eksponatus. Galiausiai, po pusantrų metų darbo 1959 m. rugsėjo 13 d. buvo atidarytas Šeduvos kraštotyros muziejus. Jo įkūrimo tikslas –"suaktyvinti kraštotyrinį darbą ir apsaugoti [...] liaudies praeities kultūrinį palikimą".

Iš pradžių muziejus veikė visuomeniniais pagrindais, tačiau 1962 m. panaikinus Šeduvos rajoną Kultūros ministerijos nurodymu jį ėmė globoti Panevėžio kraštotyros muziejus. Vėliau 1969 m. kovo 1 d. muziejus tapo Šiaulių "Aušros" istorijos-etnografijos muziejaus filialu, o 1991 m. Daugyvenės kultūros istorijos muziejaus-draustinio vienu iš skyrių.

Šeduvos kraštotyros muziejui ne kartą teko keisti ne tik priklausomybę, bet ir buvimo vietą. Muziejus buvo įkurtas 1884 m. pastatytame name, kuriame 1929 m. buvo įsteigta odų apdirbimo dirbtuvė. Bėgant laikui muziejaus patalpos darėsi ankštos, pastato būklė tapo avarinė. Didėjant eksponatų kiekiui nebebuvo galimybių jų tinkamai eksponuoti bei prižiūrėti pagal keliamus reikalavimus. Susiklosčius tokiai situacijai buvo nuspręsta nutraukti muziejaus lankymą. O neatsiradus lėšų remontui bei naujų patalpų, buvo sumanyta jį perkelti į Radviliškį. 1985 m. muziejus buvo perkeltas į Radviliškio rajoninių kultūros namų antro aukšto patalpas. Čia muziejus beveik metams virto "sandėliu". Po kurio laiko dalis etnografijos ir kitokių eksponatų išdėstoma viename dideliame kambaryje, o kitame imta ruošti parodas. Radviliškyje muziejų mažai kas lankė, neskaitant kelių mokytojų, pavienių redakcijos ir rajono bibliotekos darbuotojų.

Praėjus keleriems metams buvusios muziejaus patalpos buvo suremontuotos ir Šeduvos kraštotyros muziejus grąžintas į Šeduvą. Muziejaus atidarymas įvyko 1991 m. kovo 11 d.

Tačiau situacija pasikartojo ir Šeduvos kraštotyros muziejaus pastato būklė tapo nebetinkama eksploatuoti. Muziejus nebeatitiko apsaugos bei priešgaisrinės saugos reikalavimų, nebuvo šildymo, vėdinimo sistemos. Eksponavimo bei eksponatų saugojimo sąlygos tapo nebetinkamos, nebuvo reikalavimus atitinkančių saugyklų, neįmanoma sudaryti tinkamo mikroklimato. Pastatas netiko muziejaus lankymui: nebuvo sanitarinių mazgų, vandens, būtinos apšvietimui elektros galios. Apie tokią pastato būklę 2009 m. buvo informuota Radviliškio rajono savivaldybės taryba.

Priimtas sprendimas Šeduvos kraštotyros skyrių perkelti į Daugyvenės muziejaus saugyklas. Šis sprendimas nulėmė tai, kad šiuo metu Šeduvos kraštotyros skyrius yra uždaras lankytojams. Jo rinkiniai yra prižiūrimi, saugomi, tvarkomi ir restauruojami. Skyriaus fondai nuolatos pildomi, tačiau tiek anksčiau surinkti, tiek naujai gauti eksponatai guli saugyklų, kurios uždaros lankytojams, lentynose.