Nedidukė bažnytėlė vidury plyno lauko, ant Nemuno kranto, atrodo tarsi perkelta į mūsų laikus iš gilios senovės. Tai – viena seniausių bažnyčių Lietuvoje, vadinama bažnyčių motina. Pasak legendų, ji pastatyta buvusios Romuvos vietoje XIV a., tačiau istoriniuose šaltiniuose pirmąkart paminėta 1562 m.

Per savo kelių šimtų metų senumo istoriją bažnyčia daugybę kartų nukentėjusi nuo karų, gaisrų, potvynių, buvusi apleista ir suremontuota, visgi ji išliko vienu unikaliausių gotikos pavyzdžių Lietuvoje. Nuo XX a. pradžios joje nebevyksta pamaldos. Pritrūkus vietos tikintiesiems, pastatyta nauja bažnyčia miestelyje, o mažoji bažnytėlė 1936 m. paversta bažnytinių reikmenų sandėliu. Nuo 1996 m. čia organizuojami Pažaislio muzikos festivalio koncertai ir kiti kultūriniai renginiai.

Manoma, kad bažnyčios statytojas yra Naugarduko ir Palenkės vaivada Povilas Sapiega, XVI a. viduryje įsikūręs Zapyškio dvare (vietovė anuomet vadinta Sapiegiškėmis). Bažnyčios statybos būdas, puošimo elementai būdingi šiam laikotarpiui. Tikėtina, kad storas, vietomis 1 m storio šventovės sienas mūrijo vietos darbininkai, vadovaujami gotikos principus išmanančio meistro. Visas bažnyčios projektas liudija apie jo sumanytojų ambicingumą. Pirmiausia, XVI a. mūriniai pastatai puošė tik miestus. Be to, bažnyčios fasado nišose, pasak tyrinėtojų, užkoduotas Mėnulio užtemimų ciklas. Antra, nors bažnyčios altoriai buvo gana kuklūs, ji ištapyta freskomis, tikėtina, su Kauno vaizdais, sumontuoti šedevru laikomi vargonai su judančia nuo garso Dovydo skulptūra. Pasak padavimo, elnias ant ragų atplukdė Nemunu Šv. Marijos paveikslą, kurį galite pamatyti ir šiandien, tad šalia vargonų buvo pakabinta ir elnio galva su ragais. Deja, iki mūsų dienų neišliko vargonai (juos vokiečių kareiviai dalimis išsigabeno Pirmojo pasaulinio karo metais) ir kitos puošmenos.

Apžiūrėti bažnyčią patogiausia atvykti automobiliu, kurį palikus pakelėje, iki bažnyčios teks eiti per pievą.