1930 m. Šiauliuose įsikūrė jėzuitų misija. Kunigo Benedikto Andruškos (pirmojo rektoriaus) rūpesčiu 1936 m. pastatyta mūrinė oratorija. Tada čia buvo vienas kunigas ir du broliai jėzuitai. Iki 1944 m. pasikeitė keturi rektoriai. Jie buvo kartu ir jėzuitų misijos vyresnieji. 1948 m. pavasarį kunigas Antanas Šeškevičius buvo ištremtas, bažnyčia uždaryta. Uždarytoje bažnyčioje įrengtas sandėlis, vėliau sporto salė. 1986 m. prisidengus koncertų salės būtinybe, tuometinės miesto valdžios rūpesčiu gautas finansavimas ir pradėta bažnyčios restauracija. 

1990 m. bažnyčia grąžinta tikintiesiems, gruodžio 23 d. pašventinta. 1993 m. rugsėjo 7 d. vizito į Lietuvą metu čia ramybę ir poilsio užuovėją rado popiežius Jonas Paulius II, kuris palaimino ne tik bažnyčią, bet ir būsimą mokyklą. Po dvejų metų prie bažnyčios, buvusiame vaikų darželyje, įkurta Tėvo Benedikto Andruškos pradinė mokykla, veikia bendruomenės namai.