Šilalė yra viena pirmųjų vietovių, kur buvo pradėtas skelbti liuteroniškas tikėjimas. Čia jau 1525–1527 m., iš Batakių kilęs katalikų kunigas Jonas Tartilavičius–Batakiškis, kunigaudamas Šilalėje skelbė evangeliškus pamokslus ir skleidė reformacijos idėjas. Persekiojamas išvyko į Karaliaučių, kur 1531 m. kunigaikštis Albrechtas jį paskyrė Karaliaučiaus miesto lietuvių liuteronų kunigu.

Šilalės evangelikų liuteronų parapija įkurta 18-ojo šimtmečio pabaigoje, kai į Šilalę ir jos apylinkes atkeliavo didelis skaičius įvairių amatininkų iš Rytprūsių, kurių daugelis rado uždarbį šalia Šilalės esančiame dvare ir čia apsigyveno. Pradžioje jų kūdikiai dažniausiai būdavo krikštijami Romos katalikų bažnyčioje, o jų gimimai ir krikštai būdavo registruojami Šilalės Romos katalikų bažnyčios knygose. 1806 m. Šilalės Romos katalikų bažnyčios vikaras M. Jurkovskis įvedė atskirą evangelikams liuteronams atliktų dvasinių apeigų knygą, kurioje krikštai, jungtuvės būdavo įrašomi lotynų kalba.

Dvarininkas Pilsudskis Šilalės evangelikams padovanojo žemės sklypą su sąlyga, kad ant dovanoto žemės sklypo prie Šilalės miestelio būtų statoma bažnyčia. 1806 m. Šilalės miestelio evangelikai pastatė medinę bažnyčią. 1833 m. ši bažnyčia sudegė, todėl vasaromis pamaldos būdavo laikomos po atviru dangumi. Žiemos metu ir kai pamaldos būdavo su Šventa vakariene jos vykdavo kurio nors parapijiečio namuose. 1838 m. Šilalės evangelikai liuteronai nudegusios vietoje, pastatė antrą, medinę bažnyčią. Prie bažnyčios buvo pastatyta medinė varpinė, į kurią buvo įkeltas nedidelis varpas. 1882 m. ši bažnyčia buvo suremontuota, o ant bažnyčios vakarinio galo pastatytas medinis bokštas ir įkeltas varpas. 1941 m. birželio 24 d., pirmosiomis karo dienomis, bažnyčia vėl sudegė. Parapijos centras persikėlė į Obelyno kaimą. Čia Julius ir Marė Gėrkiai dalį savo namo paskyrė bažnyčiai, kur vykdavo pamaldos. Gėrkių namuose pamaldos vyko iki 1991 metų, kol Šilalės parapijiečiai vėl atstatė savo bažnyčią.

Šilalės liuteronų parapijai 2006 m. spalio 28 d. švenčiant 200 metų jubiliejų, Lietuvos evangelikų liuteronų bažnyčios konsistorijos nutarimu Šilalės bažnyčiai suteiktas čia XVI a. evangeliją pradėjusio skelbti Jono Tartilavičiaus–Batakiečio vardas. 2001 m. liepos 29 d. pašventintas naujasis bažnyčios varpas.