Šilavote 1806 m. pastatyta medinė koplyčia. Iš Prienų atvykę kunigai joje kartais laikydavo pamaldas. Skriaudžių vikaro Antano Rudašio rūpesčiu 1895 m. įkurta Šilavoto parapija. Jis suremontavo koplyčia, pastatė kleboniją ir ūkinius pastatus. 1896 m. Šilavoto parapijai kurti atsiųstas kunigas Antanas Radušis, pagarsėjęs švietėjiška veikla ir tautosakos rinkimu. Jis ne tik organizavo bažnyčios statybą 1898 – 1902 m., bet ir apsodino Šilavotą spygliuočiais. Kunigo sodintus medžius puošia šventųjų koplytėlės, neleidžiančios nuklysti nuo kelio kuriuo į bažnyčią ir iš jos atgal į savo namus keliaudavo davatkėlės.

Bažnyčia plyto mūro, istorinė, dominuoja Neogotikos bruožai, stačiakampio plano, su apside, dvibokštė, vidus 3 navų.