Šilutės Hugo Šojaus muziejaus istorija prasideda XIX a. pabaigoje, kai 1889 m. Šilokarčemos senąjį dvarą nupirko iš Klaipėdos kilęs dvarininkas Hugo Šojus (Hugo Scheu). Matydamas, kaip greitai dėl pramonės revoliucijos XIX a. nyksta tradicijos ir verslai, savo dvaro rūmų dviejuose kambariuose pradėjo kaupti Klaipėdos krašto etnografinę medžiagą, rinko tautosaką. Antrojo pasaulinio karo metais tėvo ir sūnaus Šojų suformuotas dvaro muziejus, sukauptos senienos, dvaro paveldėtojui anūkui Verneriui pasitraukus į Vokietiją liko be priežiūros. Dvaras ir dvaro muziejus labai nukentėjo nuo čia apsistojusios Raudonosios armijos. 1956–1961 m. muziejaus direktore dirbusi archeologė J. Kvilonaitė didelį dėmesį skyrė archeologinių paminklų atnaujinimui. 1965 m. Kultūros ministerijos įsakymu Šilutės kraštotyros muziejus tapo Klaipėdos kraštotyros muziejaus filialu. 1990 m. paskelbus Lietuvos nepriklausomybę, muziejaus steigėju tapo Šilutės rajono savivaldybė.

Dabar muziejuje veikiančios ekspozicijos: Hugo ir Ericho Šojų (Hugo ir Erich Scheu) archeologinė kolekcija - didžioji dalis radinių patekę į privatų H. Šojaus muziejų buvo iš E. Šojaus individualiai arba kartu su A. Becenbergeriu tyrinėtų archeologijos objektų. Kita dalis artefaktų rasti atsitiktinai arba įsigyti iš privačių asmenų.

Dr. Hugo Šojaus (H. Scheu) gamtos ekspozicija - vienas iš būdų geriau pažinti kraštą yra domėjimasis jo gamtinėmis vertybėmis. Šiuo požiūriu nepamainoma augalija ir gyvūnija. Pamario augmenijos pažinimas buvo neatsiejama Hugo Šojaus (Hugo Scheu, 1845–1937) gyvenimo dalis.

Dr. Hugo Šojaus (H. Scheu) etnografinė ekspozicija - Šilutės Hugo Šojaus muziejuje saugoma etnografinių daiktų kolekcija pradėta kaupti dar XIX a. pabaigoje, kada Šilokarčemos senąjį dvarą įsigijo iš Klaipėdos kilęs dvarininkas Hugo Šojus. Pasakojama, jog būtent etnografinė kolekcija pirmajame privačiame Klaipėdos krašto muziejuje buvusi didžiausia ir unikaliausia.

Dvarininkų Sojų (Scheu) šeimos iš kelionių parsivežtų suvenyrų ekspozicija - XIX a. II pusės techniniai išradimai keliavimą pavertė populiariu reiškiniu, kasdienės kultūros dalimi. Garlaivių ir lokomotyvų epochoje keliaujantis žmogus pirmą kartą istorijoje pažino palyginti saugaus ir patogaus keliavimo malonumus. Didžiausią keliautojų dėmesį tuo metu traukė Artimieji rytai, Egiptas bei kitos egzotiškos šalys.

Lietuvininkų indų ekspozicija - Rytų Prūsijos teritorijoje nuo seniausių laikų naudoti degto molio indai. Nuo viduramžių plito stiklo dirbiniai, Vokiečių ordinas iš Vakarų Europos atnešė vakarietišką dekoruotą keramiką – fajansą, porcelianą. Iš pradžių taurės, įvairiausi indai, statulėlės, puošmenos parvežamos iš Vakarų Europos, vėliau pradedama gaminti ir pačiuose Rytprūsiuose.