Šimkaičiuose 1771 m. pastatyta koplyčia. Į ją vieną ar du kartus per metus atvykdavo Vadžgirio kunigas. Bažnyčios statyba susirūpinta po Pirmojo pasaulinio karo. Žemės skyrė ūkininkas Jonas Simanavičius ir vadžgiriškis Šaulys. 1930–1932 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. 1932 m. antrąją Kalėdų dieną įvyko naujos bažnyčios atidarymas. Pirmas šv. Mišias ir pirmą pamokslą sakė bažnyčios statytojas, darbų organizatorius ir parapijos įkūrėjas Stanislovas Kemzūra. Bažnyčią pašventino Raseinių dekanas, kun. Petras Dočkus. Senoji koplyčia buvo nugriauta. Kadangi joje kabojo šv. Martyno paveikslas, tai Kauno arkivyskupas įsakė ­ ir naujos bažnyčios titulu laikyti šv. Martyną.

Iki 1940 m. Šimkaičių bažnyčiai priklausė keli mediniai statiniai: klebonija (18x9), špitolė (18x8), tvartas (12x8), daržinė (12x9). Be to, buvo 20 hektarų žemės su sodyba. Karo metu (1944 m.) visi trobesiai sudegė. Bažnyčia liko suvarpyta kulkų ir sukapota sviedinių skeveldrų. Jos langai išbyrėjo.

1995 m. vietoje senojo kryžiaus Šimkaičių girininkijos girininko Adolfo Šiugždos iniciatyva ir auka buvo pastatytas naujas, ąžuolinis kryžius (aut. Ričardas Ramanauskas), kuriame įamžinti senojo ir naujojo kryžiaus pastatymo metai (1939-1995). Senasis kryžius buvo toje pat vietoje, pastatytas 1939 m. Prano Šiaulio.

Bažnyčia turi neogotikos ir liaudies architektūros elementų, lotyniško kryžiaus plano, su aukštu fasado bokštu ir bokšteliu ant stogo kryžmos. Šventorius aptvertas medinių statinių tvora, šalia bažnyčios yra kapinės. Bažnyčia pastatyta pagal tradicijas, būdingas kaimo architektūrai. Ji suręsta iš sienojų ir apkalta dailylentėmis. Anksčiau buvo dengta gontais, vėliau stogas apskardintas. Bažnyčios ilgis 13,6 m, plotis 12 m, aukštis 6,4 m. Turi gana aukštą fasado bokštą, dengtą cinkuota skarda. Ant stogo įrengta 17 įvairaus dydžio kryžių. Taip pat yra 17 langų, iš jų - vienas didelis bokšte ir du apvalūs virš šoninių durų. Dekoratyvine baliustrada paaukštintą fasadą puošia kuklus portalas ir suveriamos durys (baliustrados neliko po 2016 m. remonto). Prie šoninių durų yra laiptai į chorą, o viename bokštelyje nuo pat pastatymo buvo varpelis, kuris atstodavo varpą. Iki karo varpą įsigyti, matyt, nespėta. Bokšto varpas buvo įkeltas apie 1950 m. Presbiterijos šonuose dvi zakristijos. Yra 3 altoriai: didysis ir du mažesni. Bažnyčia turi 29 suolus, iš jų du presbiterijoje. Ant sienų - 14 tapytų "stacijų". Yra du paveikslai: Švč. Jėzaus Širdies ir šv. vyskupo Martyno Išpažintojo.