Ankstyviausi liudijimai apie liuteronus Skirsnemunės-Žvyrių apylinkėse siekia XVI amžių. Žvyrių evangelikų liuteronų parapija susikūrė XVIII amžiuje, bažnyčią aptarnaudavo iš Prūsijos t. y. Mažosios Lietuvos, atvykstantys kunigai. Profesorius Jurgis Gimbutas, nurodo tris bažnyčios statybos datas: 1759 m. pastatyta medinė bažnyčia, 1849 m. – nauja medinė, 1886 m. – atnaujinta ta pati bažnyčia.

1952 m. Jurbarko evangelikų liuteronų bažnyčia buvo uždaryta. Žvyrių – Skirsnemunės bažnyčia tapo vienu iš evangelikų liuteronų religinių centrų, nes čia susibūrė tikintieji iš Jurbarko, Kauno, Smalininkų ir daugelio kitų vietovių, kur parapijos buvo išnaikintos.