Pamituvyje (taip iki XX a. pradžios vadinti Stakiai) apie 1750 m. buvo pastatyta koplyčia. Ji 1806 m. buvo vieša, turėjo 2 altorius. Veliuonos klebonas 1815 m. prašė vyskupo leidimo pastatyti Pamituvyje bažnyčią, skirti kunigą. 1817 m. pastatyta klebonija, 1821 m. perstatyta koplyčia. Ji 1841 m. buvo Veliuonos parapijos filija. Bažnyčiai priklausė 1 valakas žemės. XIX a. (iki 1863 m.) veikė parapinė mokykla. Kunigas Motiejus Čiuzevičius dalyvavo 1863 m. sukilime. Už tai buvo ištremtas į Sibirą. 1872 m. grįžo į Kuršą. 1875 m. bažnyčią padidinta. Stakių filialistas kunigas Feliksas Sereika (1844–1913 m.) pirkdavo draudžiamą lietuvišką spaudą ir ją dalydavo parapijiečiams. Jis pastatė kleboniją. Klebono A. Gečiaus vadovaujamas raseiniškis Bronikauskas 1909 m. atnaujino bažnyčios vidų. 1906 m. gegužę–1907 m. sausį bažnyčios kuratu buvo Vaižgantas. Jo rūpesčiu buvo gautas Žemaičių vyskupo leidimas sutuokti jaunavedžius Stakių bažnyčioje, užuot važiavus į Girkalnį, jis pradėjo vietos vaikams rengti lietuviškas tikybos pamokas. Ėmėsi iniciatyvos blaivinti vietinį jaunimą, nutraukė girtų muštynių tradicijas, ragino parapijiečius atsisakyti sveikatos gadinimo. Klebonas Romualdas Macevičius (1931–1988 m.; Stakiuose 1956–1988 m., palaidotas šventoriuje) suremontavo bažnyčią, įvedė centrinį šildymą, pastatė kleboniją. Parapija garsėja Šv. Antano Paduviečio atlaidais.

Bažnyčia turi klasicizmo architektūros bruožų, yra stačiakampio plano, su portiku, apside ir bokšteliu. Netoli bažnyčios stovi aukšta, masyvi medinė varpinė. Šventoriaus priekyje, pietvakariniame kampe, pastatytas akmeninis lurdas su niša ir skulptūra. Bažnyčioje sumontuoti meistro A. Montvilo vargonai.