Iki XVIII a. vid. dvaras priklausė Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės didžiajam kunigaikščiui. XVIII a. II p. jis perduotas Mykolui Oginskiui, 1796 m. - Juozapui Poniatovskiui, apie 1800 m. dvarą perpirko Pranciškus Sapiega, kuris ėmėsi pertvarkymų, statyti naujus pastatus (kurie šiandien sudaro dvaro sodybą). Sodyboje buvo administratoriaus namas ir gerai įrengta ūkinė dalis Šventosios, kanalo ir tvenkinio krantuose. Po 1831 m. sukilimo sodyba konfiskuota iš Eustachijaus Sapiegos, atiteko valstybės iždui, buvo nuomojama. Dvaro savininkai Užpaliuose negyveno, dvaro administratoriui buvo skirtas Administratoriaus namas. Nuo 1870 m., šalia pastačius cerkvę atkeltiems rusų tautybės asmenims, administratoriaus name apsigyveno cerkvės dvasininkai, be to, pastate veikė pradinė rusiška mokykla. Nuo 1918 m. Administratoriaus name veikė valsčiaus valdyba, nuo 1921 m. progimnazija, 1974 m. įrengtas Užpalių vidurinės mokyklos bendrabutis. Dvaro tvartas, turėjo tiek gyvenamą tiek ūkinę paskirtį: PR gale buvo ekonomo butas, o ŠR - tarnų, už jų arklidė, ratinė, gyvulių patalpos. Vėliau dalyje patalpų buvo mokykla, viršaičio butas, valsčiaus administracija, daboklė, arklidė. Malūnas su pertraukomis veikė iki 1969 m. Šiuo metu visi pastatai apleisti ir nenaudojami. Užpalių pradinėje rusiškoje mokykloje mokėsi Juozas Baranauskas (1862-1928), vėliau tapęs knygnešiu.