1617 m. Jeronimas Valavičius prie Vabalninko dvaro pastatė medinę, vienabokštę bažnyčią. 1696 m. bažnyčia sudegė. Pastatyta laikina stoginė. Kunigo Abraomo Skirmanto rūpesčiu 1714 m. pastatyta nauja medinė vienabokštė bažnyčia. Per 1729 m. miesto gaisrą sudegė bažnyčia ir visi parapijos trobesiai. 1734 m. pastatyta trečioji medinė , čerpėmis dengta bažnyčia, turėjusi 3 altorius.

Bažnyčia pasižymi saikingų klasicistinių ir puošnių neobarokinių formų, bazilikinė, stačiakampio plano. Įrengti 5 altoriai.Klebonas kanauninkas A. Smalinavičius 1806 m. apmūrijo šventorių, 1808 m. pastatė mūrinę kleboniją, 1814–1817 m. – dabartinę mūrinę bažnyčią.