Nuo pastatymo 1930 m. iki 1944 m. pastate veikė kunigų seminarija. 1955 metais įkurtas siuvimo fabrikas, veikiantis iki šiol. Autorius – Vytautas Landsbergis-Žemkalnis.

1926 m. įsteigus Vilkaviškio vyskupiją, apsispręsta atidaryti ir savo kunigų seminariją. Ji laikinai įsikūrė Gižų dvaro rūmuose. 1930 m. klierikai persikėlė į naujai pastatytas seminarijos patalpas Vilkaviškyje. 1944 m., prasidėjus antrai sovietų okupacijai, seminarijos veikla buvo sustabdyta, o rūmuose įkurdintas siuvimo fabrikas. Artėjant frontui, dalis klierikų pasitraukė į Vokietiją ir tęsė mokslą Eichstaett kunigų seminarijoje. Kiti pasiliko Lietuvoje ir persikėlė į Kauno seminariją. 1944 m., prasidėjus antrai sovietų okupacijai, seminarijos veikla buvo sustabdyta, o rūmuose įkurdintas siuvimo fabrikas. Artėjant frontui, dalis klierikų pasitraukė į Vokietiją ir tęsė mokslą Eichstaett kunigų seminarijoje. Kiti pasiliko Lietuvoje ir persikėlė į Kauno seminariją. 1989 m. Vilkaviškio vyskupijai tapus pilnai savarankiška, buvo pasiryžta atkurti ir kunigų seminariją. Šį sprendimą išreiškiantį dekretą vysk. Juozas Žemaitis MIC pasirašė 1997 m. Seminarijos Globėju pasirinktas pal. Jurgis Matulaitis. Seminarija įsikūrė Marijampolėje.