1870–1881 m. klebono kun. Antano Lesnevskio ir vikaro kun. Jono Siaurusaičio rūpesčiu Vilkaviškyje pastatyta mūrinė neoromaniško stiliaus bažnyčia. 1884 m. vysk. Juozas Oleka ją konsekravo Švč. Mergelės Marijos Aplankymo titulu. 1926 m. įsteigta Vilkaviškio vyskupija, bažnyčia tapo katedra. 1944 m. katedra buvo apgriauta, apdegė. Sovietinė valdžia katedros remontuoti neleido ir pabaigė ją griauti. Pamatai buvo užpilti žemėmis ir apaugo krūmais. Katedros vietoje buvo įrengtas skveras. Vilkaviškio vyskupijai atgavus pilną savarankiškumą, nuspręsta statyti naują katedrą ant senosios pamatų. Tai buvo nelengva , nes senasis katedros projektas neišlikęs. Naują statybos projektą parengė Dailės Akademijos docentas J. Palaima, remdamasis senomis fotografijomis ir žmonių prisiminimais. Parapijos klebonas kun. V. Gustaitis ir architektų grupė, vadovaujama prof. V. Nasvyčio, 1991 m. pradėjo katedros statybą. Nuspręsta statyti naują katedrą ant senosios pamatų. Tų pačių metų rugpjūčio mėnesį pašventinti pamatai. Pašventinimo iškilmėse, be vysk. Juozo Žemaičio MIC, dalyvavo šioje parapijoje darbavęsi Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius SJ ir Panevėžio vyskupas Juozas Preikšas. Į pamatą įdėta kapsulė su katedros istorija, pamatų projektu ir statytojų vardais. Vysk. Juozas Žemaitis MIC įmūrijo pirmą akmenį.

1998 m. liepos 11 d. naująją Vilkaviškio katedrą konsekravo vysk. Juozas Žemaitis MIC, dalyvaujant Apaštaliniam Nuncijui arkivyskupui Erwin Josef Ender, Respublikos prezidentui J. E. Valdui Adamkui, Vilniaus ir Kauno arkivyskupams metropolitams Audriui Juozui Bačkiui ir Sigitui Tamkevičiui SJ, Paderborno (Vokietija) arkivyskupui Johannes Degenhardt, Kölno kardinolo augziliarui vyskupui Manfred Melzer, Elko (Lenkija) vyskupui Wojciech Ziembai, kitiems Lietuvos ir Lenkijos vyskupams, kunigams bei garbingiems svečiams ir minioms tikinčiųjų. 1998 m. rugpjūčio 23 d., švenčiant šv. Jono Krikštytojo Nukankinimo atlaidus, buvo perskaitytas dekretas, kuriuo kanauninkui Vytautui Gustaičiui Šventasis Tėvas suteikė garbės prelato titulą.